Die Finanzierung der Projekte erfolgt sowohl über Haushalt als auch über verschiedene Drittmittelgeber. Im folgenden sind Beispiele für drittmittelfinanzierte Projekte aufgezählt.

• Monitoring von genetischen und phänotypischen Trends (MGP)
  Laufzeit: 2024 – 2027
  Projektträger: BLE
  Homepage
   
• BovReg - Identification of functionally active genomic features relevant to phenotypic diversity and plasticity in cattle’ —  ‘BovReg’
  Laufzeit: 2019 - 2023
  Projektträger: EU H2020 (Projektkoordination Prof. Dr. Ch. Kühn)

• Genomische Selektion beim Warmblutpferd
  Laufzeit: 2018 - 2021
  Projektträger: Pferdezuchtverbände
   
• Identifizierung und Charakterisierung der Rolle nichtkodierender RNA bei der Genregulation von Stoffwechselprozessen beim Rind
  Laufzeit: 2017 - 2021
  Projektträger: DFG
   
• Entwicklung von Biomarkern für Wirtsdeterminanten akuter und chronischer Mastitis beim Rind
  Laufzeit:  2015 - 2019, FBN
  Projektträger: BLE