Der Masterstudiengang Nachhaltige Agrarsysteme wird in den Profillinien Pflanzenproduktion, Nutztierhaltung, Sozioökonomie und Agrarökologie angeboten.

Der Wahlpflichtbereich jeder Profilinie untergliedert sich in zwei Teilbereiche. Im Teilbereich 1 erwerben die Studierenden spezifische Kompetenzen, die im Teilbereich 2 profillinienspezifisch ergänzt und vertieft werden.

Die Studierenden haben sich zu Beginn für eine Profillinie zu entscheiden. Bei geschickter Fächerkombination können zwei Profillinien gleichzeitig studiert werden.